История Университета началась 15 июля 1919 года с постановления Наркомпроса РСФСР об открытии Петроградского химико-фармацевтического института, а в октябре 1919 года первые 35 студентов приступили к регулярным занятиям. На протяжении 1920-х – 1930-х годов Институт пережил нескольких реорганизаций. В период Великой Отечественной войны Институт был эвакуирован в Пятигорск и законсервирован, а в 1949 году вуз перешёл в ведомство Минздрава СССР. К концу XX века Ленинградский химико-фармацевтический институт стал одним из лучших в стране многопрофильных учебных заведений по подготовке специалистов в области химико-фармацевтической промышленности и здравоохранения. В 1991 году вуз был переименован в Санкт-Петербургский химико-фармацевтический институт, а в 1996 году — в Санкт-Петербургскую химико-фармацевтическую академию.

С 2010 года начался новый этап развития СПХФА. В 2011 году в состав Академии вошёл Санкт-Петербургский фармацевтический техникум. С 2012 года Академия стала активным участником реализации Федеральной целевой программы «Развитие фармацевтической и медицинской промышленности Российской Федерации на период до 2020 года и дальнейшую перспективу» как научно-исследовательский и образовательный центр. В период с 2012 по 2016 годы был реализован проект масштабной реконструкции и технического перевооружения основного лабораторного корпуса Академии, в результате чего начал работу Центр превосходства по разработке инновационных лекарственных средств и технологий, включающий Центр трансферта технологий; современный симуляционный образовательный комплекс – GMP тренинг-центр; Центр экспериментальной фармакологии, представляющий собой лабораторию фармакологических исследований с экспериментальной медико-биологической клиникой; Центр контроля качества и стандартизации лекарственных препаратов.

В рамках реализации Федеральной целевой программы «Развитие фармацевтической и медицинской промышленности Российской Федерации на период до 2020 года и дальнейшую перспективу» Университетом реализовано 7 образовательных проектов, в рамках которых разработаны 33 образовательные программы, в том числе 5 образовательных программ среднего профессионального образования, 6 образовательных программ высшего образования (бакалавриата, магистратуры, аспирантуры), 14 образовательных программ дополнительного профессионального образования и 16 образовательных модулей для реализации в рамках образовательных программ высшего образования разного уровня. По разработанным образовательным программам Университетом обучено более 1200 человек, включая свыше 450 специалистов, прошедших переподготовку и повышение квалификации в области разработки лекарственных препаратов и технологического процесса.

С 2018 года Университет открывает набор студентов на новые направления бакалавриата 04.03.01 Химия и 38.03.07 Товароведение, что позволит подготовить  специалистов в области медицинской химии и товароведения медицинских изделий, включая высокотехнологичное медицинское оборудование.

Университет интегрирован в систему многоуровневой опережающей подготовки кадров для обеспечения перспективного развития фармацевтической отрасли Российской Федерации, на базе Университета создан Отраслевой центр компетенций для фармацевтической отрасли в сфере лекарственного обеспечения, а также две кафедры на базе предприятий-участников инновационного территориального фармацевтического кластера Санкт-Петербурга (кафедра технологии рекомбинантных белков на базе BIOCAD, кафедра иммунобиотехнологии ФГУП СПбНИИВС ФМБА России). Университет является членом Международной фармацевтической федерации (FIP), сотрудничает с крупнейшими отечественными и мировыми фармацевтическими компаниями.